Diatur pula mengenai fungsi Badan Nasional Penanggulangan Terorisme berfungsi: a. menyusun dan menetapkan kebijakan, strategi, dan program nasional di bidang penanggulangan terorisme; b. menyelenggarakan koordinasi kebijakan, strategi, dan program nasional di bidang penanggulangan terorisme; dan c. melaksanakan kesiapsiagaan nasional, kontra radikalisasi, dan deradikalisasi.
Dalam melaksanakan fungsi, Badan Nasional Penanggulangan Terorisme bertugas: a. merumuskan, mengoordinasikan, dan melaksanakan kebijakan, strategi, dan program nasional penanggulangan terorisme di bidang kesiapsiagaan nasional, kontra-radikalisasi, dan deradikalisasi; b. mengoordinasikan antarpenegak hukum dalam penanggulangan terorisme; c. mengoordinasikan program pemulihan korban; dan d. merumuskan, mengoordinasikan, dan melaksanakan kebijakan, strategi, dan program nasional penanggulangan terorisme di bidang kerja sama internasional.
Dalam RUU itu juga menyebutkan bahwa Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia membentuk tim pengawas penanggulangan terorisme. Ketentuan lebih lanjut mengenai pembentukan tim pengawas penanggulangan terorisme diatur dengan Peraturan DPR.
Masih dalam Bab Kelembagaan, disebutkan pula bahwa tugas Tentara Nasional Indonesia dalam mengatasi aksi terorisme merupakan bagian dari operasi militer selain perang. Dalam mengatasi aksi terorisme sebagaimana dimaksud pada ayat (1) dilaksanakan sesuai dengan tugas pokok dan fungsi Tentara Nasional Indonesia.
Ketentuan lebih lanjut mengenai pelaksanaan tugas Tentara Nasional Indonesia dalam mengatasi aksi terorisme diatur dengan Peraturan Presiden.
Sementara bab VIIC Ketentuan Peralihan menyebutkan bahwa pada saat Undang-Undang ini mulai berlaku, pemeriksaan terhadap perkara tindak pidana terorisme yang masih dalam proses penyidikan, penuntutan, atau pemeriksaan di sidang pengadilan, dilaksanakan sesuai dengan ketentuan dalam Undang-Undang Nomor 15 Tahun 2003.
