Dikisahkan seorang gadis bernama Mary Katherine (MK) tinggal bersama ayahnya,Profesor Bomba. Profesor Bomba memiliki penelitian khusus tentang prajurit penjaga kelestarian di hutan. Untuk keperluan itu, dia sering pergi ke hutan. Namun, suatu hari Prof. Bomba tidak kembali MK pun segera mencarinya ke dalam hutan.
Dari sinilah genre animasi action – adventure yang dilabelkan pada film ini mulai terlihat. MK tak sengaja menangkap sebuah cahaya dari kelopak bunga. Dia pun menyusut menjadi manusia mini, dan segera memasuki Leaf Men World pimpinan Queen Tara. Dia berhasil menyamar sebagai bagian dari kawanan itu, namun selalu dicurigai oleh Nod, salah satu anggota Leaf Men.
Keberuntungan tidak memihak padanya bukannya bisa mencari sang ayah dengan segera, MK malah diminta menghadapi serangan kelompok Boggans pimpinan Mandrake. Dan dia pun harus ikut berperang.
Misi pencarian menjadi tertunda dengan petualangan yang begitu menegangkan dan melelahkan. Sanggupkah MK menyelesaikan semua itu?

Bencana dahsyat terjadi 1000 tahun yang lalu menyebabkan hampir seluruh manusia di Bumi tewas dan menyisakan beberapa yang berhasil lolos dan hidup. Mereka kini tinggal di sebuah tempat yang bernama Nova Prime. 

Aktor kawakan Will Smith beradu akting kembali dengan anaknya Jaden Smith yang beranjak dewasa. 

Berawal dari Jenderal Cypher Raige yang akan menemui anaknya Kitai Raige , tiba-tiba pesawat yang mereka tumpangi terkena badai asteroid dan menyebabkan kerusakan yang sangat parah dan membuat Cypher terluka.

Mereka pun akhirnya jatuh ke Bumi dengan keadaan yang sangat berbeda dengan seribu tahun lalu. Kitai harus mencari  tempat penyelamatan untuk menolong sang ayah yang sedang sekarat di kokpit. Kitai pun mencari bantuan untuk menolong ayah dan dirinya sendiri.

Di Bumi yang baru itu, mereka harus menghadapi ancaman dan gangguan dari spesies hewan aneh yang mendominasi planet ini dan juga makhluk – makhluk aneh yang belum pernah mereka lihat sebelumnya.