Namun kereta api rahasia yang membawanya dari Madiun ke Yogyakarta pada malam hari kembali ke Madiun malam itu juga sehingga Ibu Fatmawati ditinggal sendiri di Gedung Agung tanpa pembantu untuk merawat anak yang sudah 2 orang, salah satunya adalah Dyah Permata Megawati Soekarnoputri yang lahir pada 23 Januari 1946.

Serangan paling langsung adalah pada 19 Desember 1948 ketika Belanda melancarkan Agresi Militer II. Yogyakarta digempur dari udara sejak dini hari. Semua kendaraan di jalan ditembaki pesawat P-51, malah dapur istana ikut menjadi sasaran. Pasukan TNI sedang mengikuti latihan di luar kota sehingga tidak ada perlawanan yang berarti.

Di Gedung Agung terjadi kesibukan sejak pagi. Beberapa menteri datang berjalan kaki. Panglima Besar Sudirman yang sedang sakit mendesak Sukarno untuk meninggalkan kota dan bergerilya di hutan, tapi Presiden menolak sehingga Jenderal Soedirman berangkat mengambil jalan yang masih terbuka ke arah tenggara Yogya, kembali memegang pimpinan angkatan perang dan memimpin gerilya jika musuh menyerang kembali.

Menjelang tengah hari, seluruh kota telah diduduki kecuali keraton dan istana. Istana dikepung dari segala jurusan tapi sebelumnya pemerintah sempat mengumumkan lewat radio bahwa jika sampai pemerintah di Yogyakarta ditangkap Belanda maka Menteri Kemakmuran Mr. Sjafruddin Prawiranegara yang berada di Sumatera ditunjuk untuk membentuk Pemerintah Darurat RI atau jika ia tidak berhasil maka Menteri Keuangan AA Maramis yang sedang di India diperintahkan membentuk pemerintah darurat di luar negeri.

Tak berapa lama, pasukan Belanda menghujani daerah sekitar istana dengan rentetan tembakan. Presiden Sukarno memerintahkan pengawal istana meletakkan senjata. Sukarno lalu keluar bersama seorang perwira memegang tangkai sapu ijuk diikat selembar kain putih, menyusul sejumlah menteri berjalan ke halaman menuju komandan tentara Belanda di pinggir jalan Secodiningratan. Saat itu hujan gerimis tiba-tiba turun.

()