Pada 6 Januari 1946, Yogyakarta resmi menjadi ibu kota baru RI. Gedung Agung menjadi Istana Kepresidenan karena ditinggali Sukarno dan keluarganya sedangkan Hatta tinggal di rumah berseberangan dengan Gedung Agung di jalan Reksobayan. Bangunan itu sekarang ditempati Korem 072/Pamungkas. Menteri-menteri dititipkan di rumah penduduk Yogya, hanya Perdana Menteri Sjahrir untuk sementara berdiam di Jakarta.

Mereka pindah ke Yogyakarta karena tentara Belanda menguat, ditambah pasukan marinir Belanda yang mendarat di Tanjung Priok menyulitkan tugas polisi RI yang muda dan serba lemah.

Sayangnya, Gedung Agung kurang layak disebut sebagai istana karena sebagian atapnya hancur pasca diserbu anggota Barisan Penjaga Oemoem dari Komite Nasional Indoensia (KNI) yang melucuti penguasa militer Jepang Tyookan saat itu.

Seorang mantan pelaut bernama Mutahar diangkat sebagai protokoler istana dan berinisiatif untuk meminjam perabot makan ke restoran China, taplak ke penduduk dan aturan protokoler kepresidenan.

Presiden Sukarno pun tidak terus-terusan tinggal di Gedung Agung, ia pernah mengungsi yaitu saat 21 Juli 1947 Belanda merobek perjanjian Linggarjati dan mengirim tentara menyerbu. Sukarno mengungsi secara rahasia ke Gunung Wilis, 120 kilometer dari Madiun sampai gencatan senjata 2 minggu kemudian.

()